A administração da CBP é responsável por gerenciar os seguintes departamentos:

Secretaria, que é responsável por organizar e arquivar os documentos da CBP, atender os pastores, igrejas, à diretoria, dar assistência ao diretor geral e administrativo e auxiliar na organização de eventos etc.; Comunicação, que planeja ações para fortalecer a gestão da identidade/marca por meio de estratégias voltadas para os diversos públicos das organizações da Convenção; Recursos Humanos, que coordena as ações relacionadas a seleção, treinamento e desenvolvimento pessoal e corporativo dos colaboradores; Tesouraria, responsável por todo gerenciamento dos recursos financeiros da organização, contas a pagar e contas a receber, além de fazer acompanhamento e controle do plano cooperativo e manter atualizado o rol das igrejas cooperantes; Serviços Diversos, Assessoria Jurídica (assessoria interna e externa, ações trabalhistas, LGPD e transferência de imóveis), Patrimônio (contratos, manutenções, imóveis, políticas e normas, sistema, seguro e veículos) e, por último, eventos, visitas e participações, atendimentos e metas do PDE – Plano Diretor de Expansão.